I cianobatteri sono le specie esistenti più antiche al mondo. Si ritiene che questi batteri siano la più antica forma di vita conosciuta della Terra. Le stromatoliti fossilizzate - un tipo di roccia stratificata composta da stuoie microbiche di microrganismi - risalenti a oltre 3,5 milioni di anni fa contengono prove dell'attività dei cianobatteri.